El área metropolitana de Lima y Callao está dividido en 50 distritos, 43 pertenecientes a la provincia de Lima y 7 a la provincia constitucional del Callao. Está organizado en 5 sectores que agrupan diferentes distritos, según ubicación geográfica:7​

• Cono Centro: la zona más antigua y consolidada de la ciudad y donde comenzó a expandirse la capital. Incluye el centro histórico desde donde se expandió la ciudad, conocido como el Damero de Pizarro. Esta zona está conformada por el distrito de Lima y otros distritos céntricos a los cuales se les denomina en conjunto como Lima moderna.8​

• Cono Norte: Esta zona agrupa los nuevos centros comerciales de la capital, asentamientos humanos y ciudades satélites. Asimismo, contiene al 20% de la población total de Lima. Incluye a los balnearios del norte (Ancón y Santa Rosa), distritos en los cuales se ubican casas de playa, ocupadas en verano pero también tienen población perenne. Históricamente, estas zonas formaron parte del distrito de Carabayllo.

• Cono Este: Su principal vía es la Carretera Central. Pertenece a la zona campestre suburbana de Lima, se ubican casas de campo y restaurantes al aire libre, huertos. Gran parte de la población habita allí todo el año.

• Cono Sur: Estos distritos contienen la zona de los antiguos balnearios y haciendas del Sur, ciudades satélites, asentamientos humanos, urbanizaciones privadas, casas de playa, principalmente ocupadas en verano, aunque también tienen población permanente durante todo el año.

• Callao: Ciudad totalmente conurbada perteneciente al área metropolitana ubicada la zona más occidental de esta, es aquí donde se encuentra el Terminal Portuario del Callao y el Aeropuerto Internacional Jorge Chávez, funcionando como principal puerto y aeropuerto del país respectivamente.

En el ámbito oficial, no obstante, el término Lima Metropolitana se suele usar para designar a la ciudad de Lima a secas, excluyendo a los distritos del Callao. Esta práctica se debe a que, originalmente, el núcleo urbano de Lima era mucho más pequeño y, con el paso del tiempo, fue añadiendo municipios y ciudades satélite que absorbió a lo largo de los años dentro de su organización administrativa y jurídica. Por otra parte, el Callao conformaba una ciudad legalmente separada por mandato de la Constitución política del Perú. A pesar de que poco a poco la distancia geográfica del Callao con Lima fue acortándose desde la independencia hasta ser completamente absorbida por la capital, el Estado mantiene la separación administrativa entre ambas urbes, con Callao teniendo sus propias instituciones municipales y regionales separadas de las de Lima.